从东京都西部被分割出来的这座都市，「超能力开发」被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，其中占八成的学生们每天都在「头脑开发」上互相竞争。故事的主角，上条当麻，是学园里，唯一的一个零能力者。但并非是完全没有能力，他的能力是，取消一切能力效果的无效化能力。能使用这种能力的，也只局限于他的右手。他给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力，取名为「幻想杀手」。某日，在家里的阳台上，他与神秘的少女相遇了，少女的名字叫做禁书目录……掌握了数万究级魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的上帝之手的少年。将演绎出什么样的故事呢？